第二次浪潮：伊丽莎白时期的海盗
虽然法国海盗仍然不停地在加勒比海地区扩张势力，但是其速度因为法国内战而减缓。新世界又出现了另一股新生力量——英国海盗。有意思的是，16世纪前半叶，英国还是西班牙反对法国的最坚定的盟友。但是随着时间的流逝，英国和西班牙的关系越来越不好，到了16世纪50年代，两国的友好气氛已经荡然无存。西班牙的财富和军力大增、反对宗教改革、禁止美洲地区向其他国家开放市场等等都是英国和西班牙关系恶化的原因。1558年伊丽莎白一世继位，两国关系的恶化逐渐公开化。
16世纪50年代后期到60年代早期，墨西哥学会使用新的生产工艺，可以从中等纯度的矿石中提取银。再加上这一时期，人们在墨西哥发现了大量的银矿，西班牙在美洲的银矿产量颇丰。这些都使得西班牙在美洲扩大定居点和使用奴隶的数目。银矿和奴隶成为外国商人垂涎美洲的最大诱因。
英国海盗的三巨头一直是西班牙人的眼中钉。对于西班牙的定居地以及运宝船队，他们一直是个威胁。约翰·霍金斯爵士，三次航行中挑战了西班牙在新世界贸易中的垄断地位；弗朗西斯·德雷克爵士，曾袭击西班牙的港口，环游世界，攻击卡迪斯，他是纳尔逊之前英国最伟大的海军英雄；托马斯·卡文迪什先生，在1586－1588年环游世界，抢夺了马尼拉帆船，上面载有价值两万二千比索的黄金。
霍金斯大发横财
霍金斯是英国勇于海上冒险的普利茅斯商人。他曾在伊丽莎白一世时期三次出航到西印度群岛。1562年是他的第一次航行。他的船队在几内亚稍作停留，装载货物和奴隶。然后穿越大西洋到达圣多明戈北海岸卸下货物。霍金斯是一名精明的商人，他甚至同西班牙船只做买卖。
第一次航行为他带来了丰厚的利润，使他顿时成为普利茅斯最富有的人。1565年3月，霍金斯驾驶女王陛下给他的船再次出海，途中贩卖奴隶大发横财。1565年9月，霍金斯返回英国时得到的金钱比第一次的还多。西班牙驻伦敦大使向女王提抗议，但是霍金斯却向女王保证他的第三次航海旅行一定会像前两次一样，不会爆发两国间的冲突。他只想用“黑奴换取更多的金银财宝”。但是，好运不会一直光顾霍金斯。很快，他就遇到了困难。
贸易攻击
问题开始于1568年6月4日，当时霍金斯的表兄弗朗西斯·德雷克乘坐小艇驶向里奥阿查，要求提供饮水。然而，当地的官员却命令向他们开炮。双方进行了长时间的交火后，德雷克驶出敌方大炮的射程范围，对其进行海上封锁。五日后，霍金斯率领舰队主力加入战斗。战斗持续到第十天，霍金斯派遣200名船员登陆袭击了一支西班牙部队，并占领了里奥阿查。里奥阿查的官员被迫与之进行交易。
三周后，霍金斯带领队伍前往圣玛尔塔港口。霍金斯向岸上传达口信，第二天早上要同当地总督见面。总督为了保全脸面，在假装抵抗之后同意见面，进行贸易。
六月底，英国船队又来到了较大的喀他赫纳港口。那里的总督拒绝霍金斯进行贸易的请示。经过一番战斗后，霍金斯两手空空地离开了喀他赫纳港。然后，他继续北行穿越加勒比海。当船只绕过古巴西部岛屿时，遭遇飓风，船队被刮进墨西哥湾，船体损伤严重。于是，霍金斯带领船只蹒跚而行，前往圣胡安港检修。途中还俘获了两艘前往西班牙的船只。
韦拉克鲁斯港外的惨败
大约15日黄昏时，霍金斯的船队已经可以远远地眺望到圣胡安港。该岛守卫误认为是人们日夜盼望的西班牙铁甲船。第二天早上，霍金斯换上假船旗，让引水艇上当，并将其俘获。英国船队顺利通过海岸炮台，在港内抛锚。直到此时，港内的人们才知道他们是英国船只。霍金斯派人送信说，他保证一修好船，就立即起航。
17日早上，西班牙海军上将弗朗西斯科·卢汉的旗舰出现在港口，他正为六艘铁甲舰护航，随行的还有新任的墨西哥总督。英国船只允许西班牙船只进港，只要能够保证让霍金斯的船修理完毕，并平安地出港。西班牙舰队因为急需补给只能答应英国船队的条件。
但是，新总督并没有严守承诺。西班牙军队趁夜色的掩护登上了离英国船队最近的一艘破船，对英国船只进行袭击。随后的一天，双方展开了激烈的交火。英国船只有的被毁，有的被俘获。德雷克指挥着一只小船和另一艘副指挥舰设法逃走，直奔英国方向。其余一半的船员都被西班牙俘虏，最后只有15名船员活着回到了英国。
霍金斯和德雷克的不幸经历使得西班牙和英国之间的关系更加紧张，两国之间的小摩擦时有发生。德雷克十分急切地要报圣胡安港的仇，终于在1570年重新率舰队返回了西印度群岛。这次的航海经历历史上鲜有记载，但是有一点可以肯定，德雷克所从事的一定还是海盗的行当。1571年，他在加勒比海探险，并和法国海盗一起进行掠夺。整个1572年，他怀揣女王签发的“私掠许可证”不停地骚扰西班牙在南美洲的殖民地。
伊丽莎白一世女王的海盗
在英国与西班牙外交关系的和平时期，女王的嘉许只能增长其他冒险家不断前往西印度群岛冒险的意愿。而马德里方面则更加抵制外国势力以各种方式渗透到自己的领地。受德雷克事迹的鼓舞，越来越多的海盗开始出航。这种变化在德雷克1585年再次航行到西印度群岛时更加明显。此时的德雷克统帅着2300名士兵和21艘战舰，其中两艘是女王陛下资助的。
1586年1月11日，德雷克率领这支庞大的舰队打败了西班牙军队，占领了圣多明戈，在此呆了一个月。这期间，他们烧杀抢掠，向当地居民**赎金，总数多达25，000达克特 （旧时用于某些欧洲国家的各类金币）。2月21日，英国舰队又攻陷了西班牙在加勒比海最大的城市喀他赫纳，并掠夺了更多的财宝——107，000达克特。
这次探险经历使得以前所有的探险相形见绌。从此，海盗的含义发生了偏移，逐渐朝向海军领域发展。海盗的数量也急剧增加，并且成为可以依赖的海上力量。当时，欧洲的皇家海军还只有很小的规模。在战时，政府可以征召武装私船或海盗。伊丽莎白一世的时代见证了新一代海盗的出现。在接下来的15年里，英国每年有100到200个武装私船出现，平均每年要给英国带来150，000到300，000英镑的收益。
第三次浪潮：荷兰海盗
17世纪英西战争结束时，北海的荷兰正在兴起。荷兰和英国一样，曾经也和西班牙保持了良好的关系。但是因为信仰和自由问题，两国关系逐渐出现了裂痕，直到升级到为争取自由的战争。荷兰在制造业、航海业和金融业方面十分发达，所以它与西班牙保持了广泛的商业关系，即使是残酷而漫长的三十年战争也没有削弱过两国的贸易关系。战争结束后，荷兰获得了独立。
很快，荷兰人在非洲、巴西、亚洲和加勒比海地区寻找到新的贸易伙伴，从事起贩奴和走私贸易。海上交通顿时繁荣起来。
西班牙政府的措施
西班牙王国仍然将海上的武装私船视为海盗。他们抓到荷兰商船后，会将船长处死，所有的船员沦为奴隶。1621年荷兰和西班牙的关系再次恶化，荷兰航海远征队进入加勒比海地区，开始贪婪地掠夺宝藏。
历史再次重演，只是这次的主人公从法国人和英国人换成了荷兰人。1628年9月，51岁的荷兰指挥官皮特·海恩向古巴海岸进发。他所率领的远征船队有31艘舰只，679门大炮，共2300名水手和1000名士兵。这支舰队在马坦萨斯港俘获了一整支从墨西哥出发的宝藏护航队。这次，皮特的船队大发横财。回到阿姆斯特丹后，光卸这些财宝就花了5天的时间。西班牙的黄金对欧洲其他国家的诱惑比从前更让人心动。
